Khu dự trữ sinh quyển Maya được chia thành nhiều khu, mỗi khu có một trạng thái được bảo vệ khác nhau. Các vùng lõi được hình thành bởi một số vườn quốc gia và các sinh cảnh (bảo vệ động vật hoang dã), trong đó không có sự định cư của con người, khai thác gỗ, hoặc khai thác tài nguyên được phép. Các Vườn quốc gia Laguna del Tigre, Vườn quốc gia Sierra del Lacandón, Vườn Quốc gia Mirador-Río Azul, Vườn quốc gia Tikal, Biotop El Zotz, Biotope Naachtún-Dos Lagunas, Biotope Cerro Cahuí, Laguna del Tigre Biotope và Khu di tích El Pilar.[1][4][5] Các vùng lõi bao phủ một diện tích 7670 km2, chiếm 36% Khu Dự trữ Sinh quyển Maya.[5]

Tại các khu vực đa chức năng (8484,40 km2, 40%) và vùng đệm (4975 km2, 24%), bao gồm phần phía Nam của Khu bảo tồn, các hoạt động kinh tế được điều chỉnh nhất định được cho phép. Chúng bao gồm việc khai thác gỗ bền vững và các sản phẩm rừng truyền thống bao gồm chicle, một loại nhựa dùng để sản xuất kẹo cao su, xate, cây cọ trang trí sử dụng trong việc sắp xếp hoa, và pimenta hoặc allspice. Chính phủ Guatemala đã giao rừng cho các cộng đồng địa phương, cho phép họ có quyền thực hiện lâm nghiệp bền vững trong các khu vực được khoanh vùng trong 25 năm. Các nhóm giám sát quốc tế như Hội đồng Quản lý Rừng chứng nhận các hoạt động khai thác gỗ bền vững. Năm 2005, 1,1 triệu mẫu Anh (4500 km2) đã được chứng nhận.[6] Ở các vùng khác của vùng đa dụng, các cộng đồng nông dân đã được cấp quyền tiếp tục canh tác trong cái gọi là đa giác nông nghiệp.[7]